牙周炎是一种发生在牙周支持组织的感染性疾病，菌斑细菌是其发生的始动因子，宿主的防御反应也对牙周病的发生发展产生重要影响，清除致病因子和阻断牙周疾病的病理过程是牙周病治疗的关键。机械方法（龈上洁治术，龈下刮治术及根面平整术）清除牙菌斑是治疗牙周病达的首选方法，药物治疗只是牙周炎治疗的辅助手段。
口腔内环境是一个复杂的菌群环境，牙周袋内存在大约多种可培养的细菌，这些细菌形成了结构复杂而有序的龈下菌斑生物膜。
菌斑是在牙齿表面有唾液蛋白，细菌形成的一层生物膜，菌斑无法用漱口的方法去除，只能用刷牙的方法去除。菌斑生物膜在唾液及龈沟液中各种矿物离子的作用下逐渐矿化，形成贴附于牙根面的龈下牙石，研究发现菌斑生物膜对抗生素作用的抵抗性是悬浮状独立存在的细菌群的-1倍，菌斑生物膜可能通过以下机理产生耐药性，即：
1、生物膜基质的屏障作用，该作用限制了药物分子的弥散，当基质与药物结合时，还可中和药物活性；
2、生物膜某些细菌破坏了抗生素的活性结构，从而为其他细菌提供了保护作用；
3、此外，生物膜状态下的细菌可能表达某些特殊的基因型和表型，来产生更多的防御机制；
目前以机械方法（龈上洁治术。龈下刮治术及跟面平整术）清除菌斑，破坏其生物膜结构，已被证明是最行之有效，且应用最为广泛的针对牙周病病因的治疗手段，他不仅能最大限度的清除牙菌斑生物膜，也为抗菌药物的应用创造了有利条件；
牙周炎的药物治疗包括全身和局部用药，全省用药主要有以下三类。即抗菌类药物（青霉素类、四环素类、大环内酯类、硝基咪唑类、喹诺酮类等）及宿主免疫调节类药物（非甾体抗炎药、多西霉素和化学修饰性四环素类、双磷酸盐类药物）和中药（补肾固齿丸等）。牙素凝胶、甲硝唑凝胶、洗必泰膜等。
牙周炎治疗过程中究竟需要的辅助用药：
1、口腔内存在一些器械不易到达的部位，例如：窄而深的骨下袋、跟分叉病变等。
2、微生物可侵入牙周组织，例如：牙周袋内壁上皮等。
3、口腔内其他部位（舌背、颊粘膜、扁桃体等）的微生物。
4、巩固疗效，防止复发。
5、牙周组织急性感染。
6、某些全身性疾病（糖尿病、HIV感染、风湿性心脏病等）患者。
药物治疗是牙周基础治疗和手术治疗的一种辅助手段，为了避免药物滥用，在牙周药物治疗过程中应遵循以下原则：
1、遵循循证医学的原则，合理使用药物；一般情况下，牙龈炎及轻中度牙周炎不需要使用抗菌药物；
2、用药前或用药的同时，必须清除菌斑牙石，以扰乱菌斑生物膜的结构，使药物能够作用于残余的细菌，发挥辅助治疗作用；
3、用药前尽量做细菌学检查及药敏试验，与针对性的使用窄谱抗菌药，有计划辅助治疗作用；
4、尽量采用局部用药的途径，以避免或减少耐药菌株的产生和毒副作用；
总之，药物治疗无法取代机械性牙周治疗，只能作为牙周系统治疗中可供选择的辅助手段。
