新生儿呕吐的病因繁多，常见的包括喂养不当、咽下综合征、胃食管返流、胃内出血、药物刺激、感染、新生儿肝炎、新生儿坏死性小肠结肠炎、幽门肥厚或幽门痉挛、胎粪性便秘或新生儿便秘、颅内压增高或遗传代谢病等
（1）早期新生儿呕吐
如出生后不久即出现呕吐，特别是出生前3天的呕吐，咽下综合征最常见的病因，如生后第一次喂奶后即出现呕吐奶汁则应该注意有无食管闭锁，如果呕吐奶汁中含有较多泡沫且喂奶呛咳，则应高度怀疑有无食管气管瘘。总的来说，生后几天内便出现呕吐多为先天性消化系统畸形和颅脑损伤。
（2）晚期新生儿呕吐
如果出生之初患儿吮奶佳，大便正常，经过一两个星期喂养后才出现的呕吐，新生儿腹泻最常见，其次为幽门肥厚、化脑及败血症。也就是说，晚期新生儿呕吐以喂养不当和感染性疾病相关。但值得一提的是，有个例子是例外，即幽门肥厚性狭窄，尽管幽门肥厚属于先天性消化系统畸形，但相比其他消化道畸形患儿来说呕吐出现的时间比较晚。幽门肥厚的呕吐有明显的特点，即吃奶好，吃奶后不久立即呕吐，有时表现为喷射性，吐奶后仍有较强的食欲，如果高达怀疑幽门肥厚引起的呕吐则建议首选腹部B超检查就能确诊。
（3）呕吐与进食的时间关系
此外，消化道的病变部位越高，呕吐距离进食后发生的时间越短。食管和贲门疾病，通常于进食过程中或进食后立即发生。消化道外疾病所致的呕吐与进食无明显关系。
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